| 牛津川 | 佐賀県 | 佐賀地方気象台 |
| (左岸) 佐賀県多久市多久町字涼木4560番地先から六角川への合流点まで | | |
| (右岸) 佐賀県多久市多久町字犬殺4304番地先から六角川への合流点まで | | |
| 嘉瀬川 | 佐賀県 | 佐賀地方気象台 |
| (左岸) 佐賀県佐賀市大和町大字梅野字都渡城188番地先の国道官人橋から海まで | | |
| (右岸) 佐賀県佐賀市大和町大字梅野字都渡城188番地先の国道官人橋から海まで | | |
| 本明川 | 長崎県 | 長崎地方気象台 |
| (左岸) 長崎県諫早市本明名字高羽突15番の1地先から海岸まで | | |
| (右岸) 長崎県諫早市栄田名字宮の前139番の1地先から海岸まで | | |
| 菊池川水系 | 熊本県 | 熊本地方気象台 |
| 菊池川 | | |
| (左岸) 熊本県菊池市大字赤星字寿毛賀1279番地先から海まで | | |
| (右岸) 熊本県菊池市大字北宮字居屋敷64番地先から海まで | | |
| 合志川 | | |
| (左岸) 熊本県菊池市泗水町大字豊水字出口4122番の1地先市道橋から幹川合流地点まで | | |
| (右岸) 熊本県菊池市泗水町大字豊水字出口4122番の1地先市道橋から幹川合流地点まで | | |
| 白川 | 熊本県 | 熊本地方気象台 |
| (左岸) 熊本県熊本市東区渡鹿8丁目540番の4地先小碕橋下流端から海まで | | |
| (右岸) 熊本県熊本市中央区黒髪町大字宇留毛浦山720番の5地先から海まで | | |
| 緑川水系 | 熊本県 | 熊本地方気象台 |
| 緑川 | | |
| (左岸) 熊本県上益城郡甲佐町大字上揚字佐戸1221番地先から海まで | | |
| (右岸) 熊本県上益城郡甲佐町大字上揚字宮上988番地の1地先から海まで | | |
| 浜戸川 | | |
| (左岸) 熊本県熊本市南区富合町大字碇の江字地方222番地の1地先から緑川合流点まで | | |
| (右岸) 熊本県熊本市南区富合町大字莎崎字境目951番の1地先から緑川合流点まで | | |
| 加勢川 | | |
| (左岸) 熊本県上益城郡嘉島町大字下六嘉字吐合1661番の1地先大六橋下流端から緑川合流点まで | | |
| (右岸) 熊本県熊本市東区画図町下無田字烏ヶ江331番地先大六橋下流端から緑川合流点まで | | |
| 御船川 | | |
| (左岸) 熊本県上益城郡御船町大字辺田見字井手下1161番地先から緑川合流点まで | | |
| (右岸) 熊本県上益城郡御船町大字辺田見字甲斐山492番の1地先から緑川合流点まで | | |