| 出石川 | 兵庫県豊岡市出石町鍛冶屋字五反田377番の1地先から円山川合流点まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県豊岡市出石町小人字山椒畑182番地先から円山川合流点まで | | |
| (右岸) | | | |
| 加古川上流 | 兵庫県加東市多井田字大上48番地先から美濃川合流点まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県加東市上滝野字塩谷1番の1地先から美濃川合流点まで | | |
| (右岸) | | | |
| 加古川下流 | 美濃川合流点から海まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 美濃川合流点から海まで | | |
| (右岸) | | | |
| 揖保川上流 | 兵庫県宍粟市一宮町安積字ドウドウ873番地先から菅野川合流点まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県宍粟市一宮町安積字岩谷山1409の2番地先から菅野川合流点まで | | |
| (右岸) | | | |
| 揖保川下流 | 菅野川合流点から海まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 菅野川合流点から海まで | | |
| (右岸) | | | |
| 中川 | 揖保川からの分派点から海まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 揖保川からの分派点から海まで | | |
| (右岸) | | | |
| 元川 | 中川からの分派点から中川との合流点まで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 中川からの分派点から中川との合流点まで | | |
| (右岸) | | | |
| 武庫川 | 兵庫県尼崎市西昆陽4丁目1番1地先から海に至るまで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県西宮市一里山町3番12地先から海に至るまで | | |
| (右岸) | | | |
| 兵庫県武庫川水系武庫川 | 兵庫県姫路市砥堀字林ノ谷1400番の22地先から海に至るまで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県姫路市砥堀字荒砂839番地先から海に至るまで | | |
| (右岸) | | | |
| 兵庫県市川水系市川 | 兵庫県赤穂郡上郡町上郡210番地先から海に至るまで | 兵庫県 | 神戸地方気象台 |
| (左岸) | 兵庫県赤穂郡上郡町大持285番地先から海に至るまで | | |
| (右岸) | | | |
| 兵庫県千種川水系千種川 | 奈良県五條市野原東4丁目266番地先から海まで | 奈良県 | 奈良地方気象台 |
| (左岸) | 奈良県五條市小島町550番1地先から海まで | 和歌山県 | 和歌山地方気象台 |
| (右岸) | | | |
| 紀の川 | | | |